신성장동력·원천기술 적합 결정을 받은 법인에 대한 과소신고가산세 감면의 정당한 사유 인정 여부

신성장동력·원천기술심의위원회 심의 결과 신성장·원천기술 적합 판정을 받아 연구·인력개발비 세액공제를 받았으나추후 과세관청이 위 세액공제를 부인하는 경우, 과소신고가산세 감면 여부는 신성장·원천기술 적합 판정을 포함한 제반 사정을 종합하여 사실판단할 사항임

[회신] ｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제를 받고자 하는 내국인이 국세청장 사전심사제도가 시행(’20년)되기 전에 신성장동력·원천기술심의위원회 심의 결과 신성장·원천기술 적합 판정을 받아 연구·인력개발비 세액공제를 받았으나,추후 과세관청이 위 세액공제에 대해 요건 불충족 등의 이유로 세액공제를 (일부 또는 전부) 부인하여 과소신고가산세를 포함하여 과세 처분하는 경우, 위 신성장동력·원천기술심의위원회의 심의 결정 내용은 과소신고가산세 감면과 관련한 고려 요소에 해당하는 것이나 가산세 감면 여부는 위 심의 결정 내용 외에도 과소신고에 이르게 된 경위 및 과소신고와 관련된 제반 사정을 종합하여 사실판단할 사항입니다. ○ 질의법인은 2019사업연도에 지출한 연구개발비에 대해 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제10조 에서 정하는 신성장·원천기술심의위원회에 신성장·원천기술 연구개발 대상기술 인정 심의를 신청한 결과 - 신청 기술이 신성장·원천기술에 해당한다는 적합 결정(신청금액 전액 인정 포함)을 받고, 이를 근거로 관할세무서장에 2019사업연도 법인세 경정청구하여 연구·인력개발비 세액공제를 받음 2. 질의내용 ○ (질의1) ｢국세기본법｣ 제13조제2항 에 따라 법인으로 보는 단체의 대표자 또는 관리인이 자연인에 국한되는지 여부 ○ ｢조세특례제한법｣ 제10조 에 따른 연구·인력개발비 세액공제를 받고자 하는 내국인(법인)이 국세청장 사전심사제도가 시행(’20년)되기 전에 신성장동력·원천기술심의위원회 심의 결과 신성장·원천기술 적합 판정을 받아 연구·인력개발비 세액공제를 받았으나 - 추후 과세관청이 위 세액공제에 대해 요건 불충족 등의 이유로 세액공제 (일부 또는 전부) 부인하여 과소신고가산세를 포함하여 과세 처분하는 경우, 당초 과소신고한 것에 대해 가산세 감면의 정당한 사유를 인정할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 국세기본법 제47조의3 【과소신고·초과환급신고가산세】 ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다. 1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 ○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우 2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ○ 조세특례제한법[2018.12.24.-16009호] 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력·원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액 가. 기업유형에 따른 비율 1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30 2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25] 나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력·원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다. ② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. ④ 제1항제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력·원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 [2019.02.12.-29527호] 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 법 제10조제1항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. 1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용 가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다. 나. 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어( 「문화산업진흥 기본법」 제2조제2호 에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비 2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ② 법 제10조제1항제1호가목2)에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다. 1. 중소기업이 아닐 것 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. 가. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업 나. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제2항제2호 각 목의 업종 3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제2항제1호 에 적합할 것 4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것 ③ 법 제10조제1항제1호나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 일정배수"란 3배를 말한다. ⑧ 법 제10조제1항제1호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 일반연구ㆍ인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용을 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비로 안분하여 계산한다. ⑨ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 작성ㆍ보관해야 한다. ⑩ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑪ 내국인이 지출한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 별표 7에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 제22조의9제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 둘 수 있다. ⑫ 제11항에 따른 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부와 산업통상자원부의 공동부령으로 정한다. ⑬ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 제10항에 따른 신고를 하기 전에 지출한 비용이 연구ㆍ인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 심사 방법 및 요청 절차 등에 필요한 사항은 국세청장이 정한다. ○ 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정(기획재정부령 제612호, 산업통상자원부령 제249호, 2017.3.17.) 제1조(위원회의 설치) 내국인이 지출한 연구개발비가 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제9조제1항 에 따른 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 해당하는지 여부에 관한 사항 및 같은 영 제22조의5제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 같은 영 제9조제11항에 따라 산업통상자원부장관 소속으로 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 둔다. ○ 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정(기획재정부령 제783호, 산업통상자원부령 제371호, 2020.3.25.) 제1조(위원회의 설치) 내국인이 지출한 연구개발비가 ｢조세특례제한법 시행령｣ 별표 7에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 같은 영 제22조의9제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 같은 영 제9조제12항에 따라 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 둔다.